Agrément CIR : sous-traiter sa recherche sans perdre le crédit

À quoi sert l’agrément, et qui doit l’avoir

L’agrément ne concerne pas l’entreprise qui réclame le crédit d’impôt. Il concerne celle à qui elle confie les travaux.

Le mécanisme répond à une difficulté simple. Si une entreprise pouvait déduire n’importe quelle facture intitulée « recherche », la dépense ne serait vérifiable qu’au cas par cas et a posteriori. L’agrément déplace le contrôle en amont : le ministère chargé de la recherche examine la capacité effective de l’organisme à mener des travaux de recherche, et le donneur d’ordre peut s’appuyer sur cette qualification.

Le texte vise les dépenses exposées pour la réalisation d’opérations de même nature confiées à des organismes agréés par le ministre chargé de la recherche selon des modalités définies par décret, ou à des experts scientifiques ou techniques agréés dans les mêmes conditions (d bis du II).

Deux précisions souvent ignorées figurent au même texte. Pour les organismes établis dans un autre État de l’Union européenne ou partie à l’accord sur l’Espace économique européen ayant conclu une convention d’assistance administrative avec la France, l’agrément peut être délivré par le ministre français ou, lorsqu’un dispositif similaire existe dans le pays d’implantation, par l’entité compétente de ce pays. Sous-traiter hors de France n’est donc pas disqualifiant en soi.

Les plafonds, qui se superposent

Trois limites s’appliquent, dans cet ordre.

La première limite est celle qui surprend. Une entreprise qui externalise l’essentiel de sa recherche et ne conserve presque aucune dépense interne voit sa base plafonnée à trois fois ce qu’elle fait elle-même. Le dispositif soutient la recherche menée en propre, et accompagne seulement la sous-traitance.

La sous-traitance en cascade, et sa limite

Le texte pose que les opérations confiées sont réalisées directement par les organismes auxquels elles ont été confiées. C’est le principe.

Par dérogation, ces organismes peuvent recourir à d’autres organismes mentionnés au même d bis pour la réalisation de certains travaux nécessaires à ces opérations (d ter du II).

Le mot qui porte est « mentionnés au même d bis » : le sous-traitant de second rang doit lui aussi être agréé. Une chaîne dont le dernier maillon ne l’est pas fait tomber la dépense correspondante.

Ce que la réforme de 2026 a déplacé

Les paramètres du crédit d’impôt ont été modifiés par la loi du 19 février 2026, dans une rédaction entrée en vigueur le 1er janvier 2026 (XI de l’article 42 de la loi n° 2026-103 du 19 février 2026).

Les points à revérifier avant tout calcul sur un exercice 2026 :

• le taux reste de 30 % jusqu’à 100 millions d’euros de dépenses de recherche et de 5 % au-delà (I de l’article 244 quater B ; le premier taux est porté à 50 % dans les départements d’outre-mer) ;
• les dépenses de fonctionnement sont fixées forfaitairement à 75 % des dotations aux amortissements et à 40 % des dépenses de personnel (c du II) ;
• le crédit d’impôt innovation, pour les petites et moyennes entreprises, est au taux de 20 %, dans une limite globale de 400 000 € par an (I et k du II).

Les prestations de conseil facturées en proportion du crédit obtenu continuent par ailleurs d’être déduites de la base de calcul, ce qui prive d’effet les honoraires assis sur un pourcentage du crédit (III du même article).

Le risque, et où il se matérialise

C’est le point que les donneurs d’ordre découvrent trop tard : la reprise porte sur l’entreprise qui a pris le crédit, pas sur le sous-traitant dont l’agrément manquait ou avait expiré.

Ce qui se vérifie avant de signer, puis chaque année : l’existence de l’agrément, son périmètre, et surtout sa période de validité, car il est délivré pour une durée déterminée et se renouvelle. Une prestation réalisée hors période d’agrément n’ouvre pas droit au crédit, même si l’organisme a été agréé avant et l’a été de nouveau après.

Lorsque le contrôle survient, la discussion porte rarement sur la seule forme : elle se double d’un débat sur la nature des travaux, qui relève de l’appréciation scientifique du ministère chargé de la recherche. Sur le déroulement d’une vérification et sur ce qui se prépare en amont : le contrôle fiscal d’une entreprise et répondre à une proposition de rectification.

Questions fréquentes